Para el desarrollo de las actividades de investigación, el CRIM está organizado por programas de investigación en torno a ejes temáticos, bajo los cuales se definen las líneas y los proyectos de investigación. Este tipo de organización contribuye a fortalecer el trabajo multidisciplinario reconociendo que se trata de una entidad académica viva, dinámica y en proceso permanente de transición y evolución, al igual que los temas que en ella se desarrollan. El CRIM hoy cuenta con nueve programas de investigación y un seminario de estudios.

• Programa de Estudios Cambio Mundial, Globalización y Desarrollo
• Programa de Estudios Cultura, Política y Diversidad
  • Laboratorio de cultura sentimental y ética de la convivencia
• Programa de Estudios de lo Imaginario
• Programa de Estudios de Población
  • Sección de Estudios sobre Migraciones y Transformaciones Sociales
• Programa de Estudios en Gobierno y Políticas Públicas
• Programa de Estudios Regionales
• Programa de Estudios sobre Educación y Formación
• Programa de Estudios sobre Equidad y Género
• Programa de Estudios Socioambientales
• Programa de Estudios Violencia(s), Derechos y Salud